À 12 m (39 pi 6 po) de profondeur, au coin nord-ouest de l'édifice du Centre, se trouvent aujourd'hui des installations souterraines de deux étages, d'une superficie de 4 000 m2 (13 123 pi2). Les Services souterrains de l'édifice du Centre (SSEC) abritent de nouveaux transformateurs électriques à haute tension et des génératrices de secours, contiennent des locaux destinés à des systèmes informatiques et de communication modernes, ainsi que des aires indispensables d'entreposage et de réception des livraisons.

Le premier défi posé par le projet des SSEC consistait à enlever la fondation rocheuse, ce qu'on a fait par le dynamitage contrôlé et l'excavation à la rétrocaveuse. Huit tonnes d'explosifs ont été utilisées durant les travaux d'excavation, qui ont eu lieu jour et nuit, de mai à septembre 1997.

Environ 30 000 m3 (98 425 pi3) de roche ont été extraits du site. Il a fallu 3 000 camions-bennes à double essieu, en service jour et nuit de mai à septembre 1997, pour retirer la pierre.
Une fois la fondation rocheuse enlevée, on pouvait entreprendre la construction de la structure en béton, ce qui a nécessité 570 charges de béton.
Tout le processus de construction a été surveillé de près par le Conseil national de recherches et par le Bureau d'examen des édifices fédéraux du patrimoine, qui ont veillé à ce que le caractère patrimonial de tous les édifices soit préservé.